Boote unternahm zahlreiche Reisen um die Welt. Für seine international prämierten Filme drehte er in der Sahara Schlachten und Kampfszenen mit 26.000 Statisten, geriet im Mittelmeer mit seinem Team in Seenot, verfolgte Agenten des amerikanischen Geheimdienstes und überlebte im Amazonas einen Angriff einer Anakonda. Er filmte er in Regionen mit 50 Grad minus und gleich darauf bei 50 Grad plus. Zahlreiche renommierte Persönlichkeiten zählen zu den Interviewpartner*innen in seinen Filmen und am Tag, als er die Goldene Romy in Empfang nahm, wurde seine Wohnung gepfändet.
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Angefangen hat Werner Boote als Kabelhalter und erarbeitete sich alle notwendigen Zutaten zum Filmemachen. Er studierte Theaterwissenschaft, Publizistik und Soziologie an der Universität Wien sowie an der Filmakademie.
Nach langjährigen Regieassistenzen begann Boote 1993 eigene Filme zu machen.
Bereits mit seinem allerersten Film Austria of Contrasts gewann er bei internationalen Festivals zahlreiche Preise. Es folgten mehrere preisgekrönte Industriefilme wie beispielsweise time4vienna, der 1999 zum Best Tourism-Film of the World gekürt wurde.
2009 brachte er seinen ersten Kinofilm Plastic Planet in die österreichischen Kinos. Dieser Film ist mittlerweile in über 80 Ländern zu sehen und zählt zu den weltweit erfolgreichsten Dokumentarfilmen aller Zeiten.
Im Film Population Boom (2013) räumt Boote mit dem festgefahrenen Weltbild der Überbevölkerung auf und fordert Verteilungsgerechtigkeit. Dafür wurde er mit dem `Green Me Award´ für den besten grünen Dokumentarfilm in Berlin ausgezeichnet.
Nach seinem aufrüttelnden Kinodokumentarfilm Alles unter Kontrolle (2015) über die Selbstverständlichkeit der allgegenwärtigen Überwachung, kam im März 2018 sein neuester Kinoerfolg The Green Lie - Die grüne Lüge in die österreichischen und deutschen Kinos. Der Film wurde mittlerweile auf allen Kontinenten gezeigt und feierte Weltpremiere auf der Berlinale.